La filière Comté se réjouit quand certains fabricants de plats cuisinés utilisent son fromage comme ingrédient et le revendiquent dans la présentation du produit. A condition que cette incorporation soit faite en respectant la nature haut de gamme du produit. Pour éviter ces problèmes, la filière Comté vient de confirmer son projet d'insérer dans son futur décret une clause obligeant tout fabricant de préparation culinaire souhaitant utiliser la désignation « au Comté » à présenter préalablement au CIGC un dossier de demande d'agrément. Cette volonté rejoint la démarche de l'association européenne « Origin » qui a demandé à la Commission européenne d'inscrire dans le nouveau règlement relatif aux produits AOP-IGP une clause de ce type pour l'ensemble des produits AOP.